Từ năm 2005, New York là thành phố có tỉ lệ tội phạm thấp nhất trong số 25 thành phố lớn nhất Hoa Kỳ, trở thành nơi an toàn đáng kể sau khi lên đến cao điểm trong thập niên 1980 và đầu thập niên 1990, thời điểm cơn sốt sử dụng ma túy gây ảnh hưởng nghiêm trọng đối với nhiều khu dân cư của thành phố. Đến năm 2002, New York có khoảng cùng tỉ lệ tội phạm với Provo, Utah và xếp hạng 197 về tỉ lệ tội phạm trong số 216 thành phố của Hoa Kỳ có dân số trên 100.000 dân. Tội phạm hình sự tại New York giảm hơn 75% từ năm 1993 đến năm 2005 và tiếp tục giảm trong suốt các thời kỳ mà toàn nước Mỹ có sự gia tăng.[169] Năm 2005, tỉ lệ giết người ở vào mức độ thấp nhất kể từ năm 1966,[170] và trong năm 2007 thành phố được ghi nhận có ít hơn 500 vụ giết người, lần đầu tiên kể từ khi các thống kê về tội phạm được công bố vào năm 1963 [171]. Năm 2016, tỷ lệ giết người giảm xuống còn 3,9 trên 100.000 dân [172], thấp hơn đáng kể so với mức trung bình của Mỹ là 5,3 [173] và dự kiến sẽ tiếp tục giảm trong năm 2017.

Các nhà xã hội học và tội phạm học đã không đạt được đồng thuận về lý do giải thích tại sao có sự giảm tỉ lệ tội phạm của thành phố. Một số người cho rằng hiện tượng này xảy ra là nhờ vào những chiến lược mới được Sở Cảnh sát Thành phố New York sử dụng trong đó có việc sử dụng hệ thống "CompStat" (thống kê bằng điện toán) và lý thuyết có tựa đề "broken windows theory" (lý thuyết về các chiến lược truy tìm và loại bỏ tội phạm đô thị). Những người khác thì cho rằng cơn sốt sử dụng ma túy đã đến hồi kết và có sự thay đổi về nhân khẩu.[174]

Tội phạm có tổ chức đã từ lâu có liên hệ đến New York, bắt đầu với nhóm tội phạm có tên "Forty Thieves" (có lẽ theo tên của Ali Baba và 40 tên cướp) và "Roach Guards" (băng cướp người Ái Nhĩ Lan) trong khu dân cư Five Points vào thập niên 1820. Trong thế kỷ XX, có sự trỗi dậy của băng đảng Mafia Mỹ do Năm gia đình gốc Ý cầm đầu. Các băng đảng khác còn có nhóm "Black Spades" phát triển vào cuối thế kỷ XX.[175]